На https сайт перестает корректно работать

Здравствуйте.

Сервер ручной сборки, все как нужно. При установке сертификата lest encrypt половина движка перестает работать (блочит апаче скорее всего что-то, а если быть ещё точнее, то часть htaccess просто не выполняется). При этом на http все работает отлично.

Пробовал делать те же действия на бегете, плеске (отдельном сервере) - все отлично.

Кто знает - отблагодарю деньгами.