Верстка под CMS

Вопрос такой: чем отличается верстка под CMS (например joomla или shopscript) от обычной верстки - наличием в некоторых местах кода php команд? Эти "места" всегда одинаковы или как-то различаются?

Все зависит от конкретной CMS
ты качни какую нибудь тему под joomla и расковыряй ее - поймешь что к чему...