Сконфигурировать MySQL

Debian, MySQL 5.1.51

После обновления MySQL перестала выполнять одну задачу:

Есть таблица, в ней около 30 миллионов строк. Раньше назначение индекса занимало около минуты, после обновления мне вообще не удается поставить индексы. На локалке, на более слабом компьютере, на Денвере с стандартной конфигурацией эта процедура занимает около двух минут.

Экспериментировал с конфигом - безрезультатно.

Таблица работала на MyISAM, обновление связано с переходом на php5.3 и была задумка перенести эту таблицу на innoDB.

Задача: если это возможно, настроить для innoDB, если нет, то хотя бы восстановить нормальную работу MyISAM. Сейчас, присутствуют оба экземпляра таблицы.

Сроки: срочно, сервер не работает.

Оплата: по протекции, BL 70.

Дополнительный стимул: есть еще несколько не срочных задач на сумму 50-100$.