Решить проблему с временем выполнения скрипта

Есть сайт на базе Джумлы 1.0.15. Для него был создан самописный компонент. Одна из функций в этом компоненте - загрузка архивированного xml файла и его обработка (заненсение данных в MySQL). Файл указывается при выборе стандартным образом с указанием его пути на локальном компьютере. Так вот обработка проходит нормально только в том случае, если сервер полностью разгружен, если есть хоть малейшая нагрузка - работа скрипта прерывается сообщением от nginx - "Gateway timeout". В конфиге апача ограничения на max_execution_time не нашел.

Требуется предложить решение и разобраться с данным вопросом. Увеличивать время выполнения скриптов в конфигах не хотелось бы из соображений безопасности. Возможно, есть вариант либо запуска из командной строки, либо обработка по частям с автоматическим редиректом между скриптами при обработке, либо еще какие варианты.