Удалить shell-вирус с сайта

Поймать, уничтожить и предотвратить проникновение в будущем, на сайте. Найти дыру на сайте.

Shell вирус, паходу проникший через скрипт, создал кучу ссылок на несуществующие страницы сайта, и добавил свой файл sitemap.xml на сервер, в корень сайта. Гугл теперь видит не настоящую главную страницу а какую то англо-японскую страницу со множеством ссылок