Необходимо разработать скрипт на PowerShell или BAT, который при перезагрузке ОС загрузит ISO в оперативную память, разобьет диски на части в процентном соотношении, отформатирует их в NTFS, назначит буквы и комментарии, а затем автоматически перезагрузит систему. Используйте любые программы с исходным кодом для создания ISO под скрипт.