Обеспечение безопасности сайта

Требуется "вылечить" сайт от вирусов и залатать "дыры" в безопасности. Сайт постоянно заражается вирусами, при этом нет ни одного доступа ftp. Предполагаем что проблемы в безопасности связаны с java-скриптами.