Оптимізація роботи сервера (налаштувати бекап, Nginx, PHP, MySql)

Сервер на Hetzner із таким залізом:

Intel(R) Core(TM) i7-8700 CPU @ 3.20GHz (12 cores), Оперативна пам'ять 63795 MB

ISP Manager 6

Після переустановки ОС (до цього був CentOS 7 + MySQL 5) почалися проблеми в роботі БД:

- Проблеми з індексацією БД: або дуже довго індексується, або взагалі "лягає" сайт (помилка 503)

- Помилки при відновленні з бекапа (Lost connection to MySQL

- Загалом працює сайт повільніше, ніж до переустановки ОС

- Можливо, є ще інші помилки

Помилки під час виконання завдань Cron:

- PDOException: SQLSTATE[08S01]: Communication link failure: 1053 Server shutdown in progress

- PDOException: SQLSTATE[HY000]: General error: 2006 MySQL server has gone away 

Що потрібно зробити:

- Проаналізувати логи, навантаження, усунути вузькі місця та помилки у роботі сервера БД

- При необхідності - доналаштувати PHP, Nginx

- Опціонально: перевести сервер із MySQL 8.0.3 на MariaDb 10.6 (пишуть, що більш оптимізовано для Magento) - потрібно вирішити, чи це дійсно необхідно
- Налаштувати інкрементний бекап на Storage Box Hetzner