Скрипт по замене в файлах

Есть скрипт, который коннектится к указанному фтп и в указанной папке заменяет во всех файлах то что указано на другое (сам срипт в приложении - 100 строчек кода)...

Меняет он коректно, но вот такое заменять не хочет

include("beader.php");

?>

вернее вот даже вот такое "beader.php" , а если просто указать beader.php без кавычек, то без проблем (там с экранированием надо указывать если есть кавычки, т.е. с обратным слешем \, но скрипт так работать начинает, но замены не производит). Вот нужно чтобы он начал меняять такую конструкцию.

И вторя проблема в скрипте, то что он обходит не все файлы почему то, т.е. к примеру в папке больше 1000 файлов html а скрипт только часть из них обходит и запинается - тоже нужно исправить.

Сам скрипт в приложении, запускаю через ssh командой php index.php

Сделать нужно не растягивая на несколкьо дней, оперативно (крайний срок сдачи - 15:00 в это воскресенье)