Взломали сайт, вытащили файлы и сделали ошибку 404 на всех сайтах.

Здравствуйте, вчера у меня взломали сайт, злоумышленник связался со мной, сказал что сделал это через одну из директорий сайта, у которой были криво настроены права доступа. Он внёс изменения в базу, а также вытащил файлы всех сайтов которые были на VPS, и сделал 404 ошибку на всех сайтах. Сможете чем-то помочь? Желательно исправить 404 ошибку и проверить права на файлы и директории.