Настроить perconadb под нагрузки

Требуется настроить выделенный сервер с perconadb/apache/php centos, чтобы он стал держать нагрузки и стал оперативнее отвечать на запросы. 

Основная проблема сейчас с бд: Lock wait timeout exceeded. 

Над сервером уже проводились настройки опытным специалистом, но сейчас нет возможности доделать его.