Профи в JS

Желательно знание Wordpress и Modx

при переносе сайта с worpdress на modx возникли следующие проблемы. Дизайн Wordpress делался в конструкторе и получилось нерационально много кода как html-css,  так и js. 

 В данный момент, например,  мы не можем подключить никакой свой скрипт, они просто не работают, даже простейшие - маска телефона или плавный скролл отказываются работать, потому что все идет через init.js, Надо как-то освободиться от 

 init.js или хотя бы понять как тогда в него прописывать свои скрипты и зааставить их работать.

На данный момент можно наблюдать следующие проблемы: на странице http://geobti.antosoft.ru/raboti-pod-kluch/ если нажать на верхние ссылки блоки то скролл происходит, но адрес в адресной строке начинает себя странно вести, надо 

 так же объяснить почему это происходит.