Оптимизация узких запросов в Mysql

Здравствуйте. Недоброжелатели используют кликеры по определенным местам нашего сайта и из-за этого страницы сайта открываются очень медленно, хотя сервер у нас мощный (свободных ресурсов около 90%). Мы поняли что это связано из-за имеющихся узких мест, если их оптимизировать, то у них больше такой возможности не будет. Надо выяснить какие места у нас в проекте узкие и их оптимизировать, для этого надо иметь знания php. Также надо выяснить какие запросы в БД необходимо оптимизировать (лог медленных запросов у нас есть), и после этого данные запросы оптимизировать. У нас есть подозрения какие php файлы больше всего грузят бд при использовании их, но мы можем ошибаться.

Главная задача этого заказа лишить возможности недоброжелателей кликерами замедлять работу нашего сайта.