Привести в порядок GIT на сервере

Уважаемые администраторы,

требуется ваша помощь в решении следующей задачи: есть сайт с нарушенной схемой работы GIT. На сайте в силу обстоятельств длительное время изменения выкладывались не через GIT (bitbucket.org), а путем замены файлов. Сейчас стоит задача вернуться к нормальной схеме работы над проектом, т.е. через репозитарий.

При этом есть следующие нюансы:

- версия сайта на лайве нас устраивает, нет необходимости делать пулл и выравнивать ее с репозитарием

- на лайве есть много незакомиченных изменений, которые при неаккуратных действиях могут быть утрачены, что недопустимо

Что предлагается:

1. сделать полную резервную копию перед началом работы

2. создать репо и ветки, отталкиваясь от текущей версии лайва, не пытаясь ничего мержить и работать с конфликтами, чтобы еще более не усугубить проблему

Ишется человек, хорошо знающий гит и имеющий опыт решения подобных вопросов. Людей без отзывов и специалистов широкого профиля прошу не беспокоить.