Аудит проблем и настройка веб-сервера Linux Debian 7.0 x86_64

Необходимы аудит проблем и настройка веб-сервера ОС Linux Debian 7.0 x86_64. Причина обращения: Увеличился ответ сервера 1,5-2 сек, долго загружаются сайты 3-5 сек.

После подключения SSL, при остановке и запуске сервера, либо после восстановления, сервер начинает работать только после ввода ряда команд (появилось после подключения SSL)

Особое беспокойство вызывает сайт https://capmex.ru на Joomla 3.6.2, очень долгое ожидание ответа сервера.

Вот скрины скорости работы этого сайта: https://yadi.sk/i/gMGd661X3ANsZu  https://yadi.sk/i/Tvw7yHVC3ANsgp

ОС Linux Debian 7.0 x86_64  Оперативная память - 8192 МБ Дисковое пространство - 150 ГБ Ограничение ввода-вывода диска - 20 Мб/с Тактовая частота процессора - 2000 МГц Количество ядер процессора - 4 Выделенный IP-адрес - 9

nginx + php-fpm + MySQL. На одном IP адресе подключен SSL сертификат.

Всего на сервере работают 13 доменов. Сайты на сервере в основном Joomla. Суммарный трафик посещаемости по всем ресурсам на сервере в сутки не превышает 1000.